腐植酸的使用方法多樣，適用於農業生產的多個階段。常見的使用方法包括：
種植前處理。將腐植酸肥料加入土壤中，每畝土地使用20~30公斤的腐植酸肥料。將其均勻分布在土壤上並與土壤混合，最好進行覆蓋，以增加土壤有機質含量，提高肥效。
浸種和浸根。腐植酸肥料可用於浸種和浸根，以提高種子發芽率和幼苗髮根能力。一般浸種濃度為0.005%~0.05%，浸種時間為5~10個小時。
葉面噴施。將腐植酸肥料加水稀釋後進行噴灑，一般使用量為1~3升/畝。噴灑時應均勻，確保液體完全浸潤至作物根部。葉面噴施一般在作物苗期、花期、果實膨大期進行，每畝用200~300ml濃度為0.1~0.5%的腐植酸溶液和30~50kg水噴施。
作基肥或追肥。腐植酸可作為基肥或追肥使用。作為基肥時，每畝用含腐植酸0.02%~0.05%的水溶液300~400千克與農家肥拌施。作為追肥時，在作物幼苗期和抽穗期前，使用0.01%~0.1%濃度的腐植酸水溶液澆灌在作物根系附近。
使用時需注意以下幾點：
注意使用濃度，以免影響作物的生長發育。
注意使用溫度，一般在適宜溫度下使用效果更佳。
與化肥、無機水溶性肥料搭配使用，以提高肥料的利用率。