自噬流（autophagic flux）是指在一定時間內自噬過程發生的強度，主要與自噬被誘導的強度和自噬體被溶酶體融合消化的速率相關。自噬是細胞成分被溶酶體降解的一種分解代謝過程，包括自噬的早期階段、自噬體的形成、自噬體與溶酶體融合形成自噬溶酶體以及自噬溶酶體內的內容物被消化等步驟。
自噬流的檢測目的在於準確分析自噬活性，即自噬的動態變化。常用的檢測方法包括使用GFP-LC3-RFP-LC3ΔG探針和DAL Green+DAP Red兩種探針聯用。GFP-LC3在自噬溶酶體中很不穩定，而RFP-LC3ΔG則仍可以留在細胞質中，通過觀察兩種螢光顏色可以用於監測自噬通量。而DAL Green+DAP Red兩種探針聯用則可以檢測自噬流的發生，無需轉染質粒，簡化了實驗操作。