自製水晶瓶的方法有多種，這裡介紹一種常見的做法：
準備材料。需要一個玻璃瓶、水晶寶寶（又稱水寶寶或海洋寶寶）、針管注射器（只需注射器部分，不需要針頭）、紙杯（可選，用於分類不同顏色的水晶寶寶）。
泡發水晶寶寶。在一個容器中裝水，將水晶寶寶倒入水中泡發，一般需要浸泡一晚。
分類水晶寶寶。將泡發後的水晶寶寶按顏色分類，裝進不同的紙杯中。
製作水晶寶寶混合物。使用注射器將水晶寶寶裝入其中，然後按壓注射器將其壓碎並釋放到玻璃瓶中，可重複此步驟直至手感到酸。
逐層加入顏色。按照顏色逐層加入壓碎後的水晶寶寶，每鋪完一層後可以適當加入少量清水，以保持水晶寶寶的紋理效果。
裝飾和密封。最後，可以在瓶口處添加裝飾品並密封瓶子，漂亮的水晶瓶即製作完成。
此外，還可以根據個人喜好添加其他材料，如金粉、小星星或月亮等裝飾品，以增加水晶瓶的美感和特色。