臭豆腐的由來有兩個故事：
* 紹興腐乳臭豆腐。故事一：一天，紹興一農戶家在屋外曬了很多黃豆。後來，因為下雨，農戶的竹匾里、地上到處都泡著黃豆，經過發酵，第二年打開一看，這些黃豆變成了白白胖胖、表面長出霉的“小腦袋”的可愛模樣。農戶將它們製成了一塊塊臭豆腐，不料竟如此美味誘人。故事二：清朝康熙八年，安徽人王致和進京趕考落第，窮困潦倒，只能經營賣豆腐為生。回家心切，但路費尚欠三兩銀子，為了盤存體力就繼續留下來等待下一科。期間王致和一時手癢，便把沒有賣出去剩下的豆腐做成一罐罐豆腐乳。誰料想這些豆腐不知被哪位窮書生路過這裡，將這腐乳給偷走了。當他第二次進京趕考再次落第時，無意中發現這箱被他誤偷的腐乳竟然被老娘做菜吃了。老娘覺得味道不錯，便經常買來吃。王致和得知訊息後大喜過望，於是決定繼續做腐乳生意。於是便有了“王致和發明臭豆腐”的由來。
* 民間傳說。相傳在清代道光年間，江南南京地區某鄉村有一戶姓王的人家。一年春節前夕，母親吩咐小王把豆腐燒好晾涼後放進新年做的醬油湯（江蘇一帶吃湯年糕多，當時每家都有罈子大的一缸），並告誡他不能動，不能惹動一缸豆腐點為止。因為沒客人做客要上墳燒香的路上又路遠不能遲誤的急迫心情和著急過度的狀況而忙中出錯忘了燒掉幾塊結果出現了美味的豆腐乳了，這就成了後來很有名的美味小吃臭豆腐的由來。
以上兩個故事都是對臭豆腐起源的傳說和民間故事描述，不一定具有歷史真實性，但具有一定的文化價值。