致病微生物主要包括以下幾類：
細菌。如沙門氏菌、大腸桿菌、金黃色葡萄球菌等，這些微生物廣泛存在於自然界中，能夠引起多種疾病。
真菌。如念珠菌，可引起人類的各種感染，如皮膚感染、內臟感染等。
病毒。包括口蹄疫病毒、高致病性禽流感病毒、艾滋病毒、天花病毒、埃博拉病毒等，這些病毒能夠引起從輕微到致命的各種疾病。
立克次氏體、支原體、衣原體。這些微生物能夠引起特定的感染，如肺炎等。
寄生蟲。包括瘧原蟲（引起瘧疾）和弓形蟲等，這些寄生蟲能夠引起嚴重的感染和疾病。
此外，還有一類是非細胞型微生物。如狂犬病病毒、藍舌病病毒等，這些微生物沒有典型的細胞結構，只能在活細胞內生長繁殖。