良知良能的故事有很多，其中比較著名的一個故事是“孟母斷機勸學”。這個故事描述了孟母為了教育孟子，親自斷機，告誡他學習不能半途而廢的道理。
另一個故事是關於明朝思想家王守仁，他在年少時並不勤奮，經常貪玩，不專心讀書。他的父親便把他關在書房裡，並讓他知道土地上種的莊稼都是靠雙手一點一點種出來的，以告誡他只有靠自己努力才能有所成就。這就是“種穀當力種，力田非吾業”的良苦用心，告誡我們要有自知之明，做該做的事。
還有一個故事是關於子貢請教如何治理國家。孔子說：“糧食充足，衣食豐足，君臣之間互相了解信任，條理分明就行。”子貢問：“這樣就可以了嗎？有三種品德的人，怎么樣？”孔子問：“哪三種？”子貢回答：“聰明好學，塌實肯乾，沒有貪慾，這種人怎么樣？”孔子說：“很好。”接著孔子又說：“還有仁德厚道的人。”這裡的孔子表明了一個人如果沒有良知良能就會很平庸，“三達德”而少其一不可，既說明人的素質重要，也體現了孔子的教育目的：做人與成才。
以上故事都可以理解為良知良能的具體表現和闡述。良知良能是指人天生具有的道德意識和善良行為，是人與生俱來的一些基本道德情感和態度。通過這些故事可以啟示人們要重視自身的道德修養，遵循基本的道德準則，不斷自我完善，做到言行一致，從而成為一個有良知良能的人。