芍藥花和牡丹花雖然都屬於毛莨科芍藥屬，但它們之間存在幾個主要區別：
莖幹特性不同。牡丹是木本植物，其莖幹木質且較粗壯，不落葉時地上部分不會枯死；芍藥是草本植物，莖幹草質，較細弱，冬天落葉後地上部分一併枯死，春天再從土中生出。
葉片形狀不同。牡丹的葉子較寬，通常爲二回三出羽狀複葉，葉面綠色，下表面有白粉；芍藥的葉子較窄，葉形狹長，上表面有光澤，下表面無白粉。
花朵特徵不同。牡丹的花朵通常較大，花徑在10~17釐米，花瓣圓潤且厚實，有多種花型如單瓣型、荷花型等，顏色豐富；芍藥的花朵相對較小，花徑多在15釐米以下，花瓣較薄且有較多皺摺，花型較單一。
花期不同。牡丹的花期比芍藥早，一般在4月中下旬開花；芍藥的花期在5月上中旬，兩者花期相差約15天左右。
花香不同。牡丹花型之大、氣質之高貴，被譽爲花中之王；芍藥則氣質上少了一份大氣，更加嫵媚清新。