苗疆人的姓氏有多種來源和特點。一類姓氏得自遠古氏族部落和首領的名稱，如湘西方言苗族中的「仡濮」姓，可能與先秦時代的古濮人有聯繫。湘西苗族的十二姓中，如「仡徠」、「仡愷」、「仡軻」、「仡僑」等，都是原始的苗族首領和氏族部落名稱，後來發展成為苗族姓氏。還有一些苗姓，如「寨方」、「寨柳」、「寨勾」等，可能是以始遷祖公之名得姓的。劍河苗族的「Yul尤」姓來源於古代男性支系祖先的名字，而「Dangk當」家族的姓氏可能是以歷史上叫做「dangk 當」的祖先命名的。
另一類姓氏源於圖騰崇拜，苗族某一支系以某種動植物為自己的保護神和圖騰，後來以該動植物之名為姓氏。例如，「蒙雌」和「卯蚩」、「姆赤」等苗姓可能與羊有關，因為這些苗族可能長期以牧羊為主業，將羊作為圖騰崇拜，並以羊為姓。還有如劍河縣反迷苗寨的「Zaid Nail寨乃」家族，其姓氏「Nail」意味著魚，傳說該家族祖先以打漁為生，因此以「Nail」為家族姓氏。
苗族在家族組織上知道自己是某一位老祖公的後裔，但並不強調「姓」，而是強調「氏」。在一些地區，苗族使用漢姓，如楊、王、李、謝、張、趙等，其中楊和王兩姓較為常見。
在西部方言地區，如貴州赫章縣和威寧縣的苗族主要使用漢姓，包括李、羅、汪、王、張、安、楊、韓、朱、潘、陶、吳、蘇、馬、龍、陸等。雲南文山地區的苗族以楊姓人數最多，其次是馬、李、陶、熊、項、王、吳等姓。湘西地區的苗族開始採用漢姓如吳、龍、痲、石、廖、田、梁、張、楊等，可能在唐宋時期或更早一些時候。