草莓根腐病的防治措施主要包括以下幾點：
土壤管理：每年夏天進行高溫悶棚和土壤消毒，以減少病菌積累。選擇無病地育苗，有條件的情況下實行4年以上輪作，避免使用帶病苗。
栽培方式：採用高畦或起壟栽培，儘可能覆蓋地膜，以提高地溫減少溼度，有利於減少發病。
排水措施：雨後及時排水，嚴禁大水漫灌，以降低土壤溼度，減少病菌繁殖。
科學施肥：施用腐熟的農家肥、適量三元複合肥（不含氯）、鈣肥、硼肥等，追肥根據生長期營養需求及時補充，以促進草莓健壯生長，增強抗病能力。
病害預防：移栽前進行土壤消毒處理，可使用腐黴利、多菌靈、咯菌腈等蘸根以減少病害侵染。日常種植中可以使用精甲霜靈、三乙膦酸鋁等預防。
藥劑處理：對已經發病的植株可以使用甲霜·黴靈、咪鮮胺、精甲·嘧菌酯等灌根處理。同時可以施用葉面肥增加植株吸收營養的途徑，減輕根部負擔。
生物菌肥：增施有機肥和微生物菌劑改良土壤環境，含有大量有益菌的微生物菌肥有助於抑制病原菌的生長。
生根劑使用：在移栽後使用不易分解的物質生長的根向生根劑進行灌根，以加快根部恢復。
需要注意的是，目前對於草莓紅中柱根腐病沒有特別有效的治療手段，因此預防工作尤爲重要。發病初期不易被發現，一旦發現往往已經較爲嚴重。因此，種植中任何病害都要以預防爲主。