製作菌包的方法有多種，以下是幾種常見的做法：
稻殼和椰糠纖維菌包。首先準備稻殼和椰糠纖維，用高溫對它們進行消毒，然後將這些原料與蘑菇菌混合，將混合好的原料裝入飲料瓶中，飲料瓶需用一個膠管作為口子，並塞住棉花或棉布以保持透氣。
傳統菌包。將麵粉、酵母、水和成麵團，讓麵團發酵至蜂窩狀，然後將杏鮑菇和香菇切成小丁，炒乾水分後與調味的醬料混合，將發酵好的麵團做成小麵團，擀成麵皮，然後將餡料包入麵皮中，蒸製即可。
特定菌類的菌包。例如，羊肚菌菌包的製作包括泡發羊肚菌、準備豬肉餡料並調味，然後將餡料包入麵皮中，蒸製而成。
每種方法都有其獨特的步驟和技巧，可以根據個人喜好和所需製作的菌包類型來選擇適合的方法。