菌根的主要作用包括：
固氮：菌根具有固氮能力，能夠幫助植物吸收氮素。
擴大根系吸收面：菌根能夠增加植物對磷等元素的吸收能力，從而擴大根系的吸收範圍。
合成有益物質：某些菌根能夠合成維生素、細胞分裂素、酶類以及抗生素等，促進植物良好生長並提高抗病能力。
改良土壤：菌根真菌的酸溶和絡溶能力有助於植物吸收難溶性養分，如磷、鉀、鈣、鎂等，同時能夠吸收有機氮化合物中的氮素。
需要注意的是，雖然菌根具有固氮作用，但自生固氮菌（如棕色固氮菌、圓褐固氮菌等）的固氮作用需要它們死亡後釋放出的營養才能被植物利用，因此這類菌需要在植物生長前施用。此外，根瘤菌主要在豆科植物上發揮作用，具有專一性，例如大豆根瘤菌只在大豆上發揮作用。
綜上所述，菌根的作用不僅限於固氮，還包括擴大根系吸收面、合成有益物質和改良土壤等多個方面。