菌棒製作流程主要包括以下五個步驟：
拌料。首先，根據配方正確比例將木屑、麩皮和石灰等原料混合均勻，然後加入糖化水，調整水分至55%至60%。使用人工拌料需來回拌和3次，若使用拌料機則攪拌5分鐘。拌料完成後需立即裝袋。
裝袋和套袋。將準備好的料裝入聚乙烯塑膠袋中，每袋裝乾料800至850克，袋長約為45至50厘米。裝填時需確保袋內物料鬆緊適度，裝好後紮緊袋口，並進行套袋。
滅菌。將裝好的菌棒進行滅菌處理。在常壓滅菌櫃中，將溫度升至100℃並維持10小時。滅菌完成後，需將菌棒徹底冷卻至室溫。
接種。接種前，需對接種室進行清潔消毒，可使用紫外線燈和化學熏蒸劑（如高錳酸鉀和甲醛）進行處理。接種時，在菌棒上打孔，然後立即接種。接種後，繼續進行套袋和扎口處理。
菌棒培養。將接種後的菌棒搬入發菌室或大棚內，擺放時需注意通風和散熱。初期保持較高濕度（相對濕度70%）和適宜溫度（25℃以下），並定期檢查雜菌污染。隨著菌絲生長，需適時解開外套袋口，以增加氧氣供應，促進菌絲健康生長。