菌液保存的方法有多種，目的在於保持微生物菌株的生活力和遺傳性狀，確保菌種不死亡、不變異、不被污染，以及維持菌株優良性狀的穩定。常用的菌液保存方法包括：
凍乾保藏法。一種常用的方法，通過將菌體冷凍後進行乾燥處理，再將其保存在真空環境中。這種方法適用於多種微生物，包括細菌、酵母菌和絲狀真菌。
深低溫保藏法。將菌液放置於甘油中，然後在-70℃或-80℃的條件下保存。這種方法可以有效地抑制微生物的生長和代謝活動，從而保持菌種的穩定性。
液體石蠟覆蓋保存法。在菌液上覆蓋一層液體石蠟，這樣可以隔絕空氣和防止水分蒸發，適用於一些好氧菌的短期保存。
傳代保存法。通過定期在新鮮培養基上傳代培養來保持菌種的活性。這種方法適用於生長迅速的微生物。
懸液保存法和載體保存法。適用於特定類型的微生物，如病毒或某些特殊菌種。
低溫保存法。包括低溫冰櫃保存法、乾冰保存法和液氮保存法，這些方法通過將菌種保存在極低溫度下，抑制微生物的代謝活動，從而保持其生命力和遺傳性狀。
選擇合適的保存方法取決於菌種特性和所需的保存時間。一般來說，短期保存可以使用4℃冰櫃或低溫乾燥處，而長期保存則推薦使用凍乾保藏法或深低溫保藏法。在保存菌種之前，確保菌種的純淨性是非常重要的，以防止實驗過程中被雜菌污染。