菜花的保存方法有多種，以下是幾種常用的保存方法：
塑膠袋貯藏法。先將菜花裝入塑膠袋中，大菜花裝一個，中、小菜花可以裝2到5個，然後紮緊袋口，放在乾燥乾淨的空屋內，保持室溫在0℃左右。
窯內堆藏法。在窖內地面鋪6到7厘米厚的乾沙，將晾好的菜花排成3到4層，寬約1米，上面覆蓋薄膜，窖內溫度降至0℃以下時，覆蓋草苫，每半月倒菜一次，剔除病爛菜花，及時通風換氣，保持堆內溫度在-1℃到0℃。
低溫溝藏法。在背陰處挖一條寬70到90厘米、深約1米的溝，溝底鋪一層乾沙，將帶6到7厘米根莖、保留頂端3片葉片的菜花放入溝內，注意檢查和倒菜，保持溝內溫度在0℃左右。
焯水保存。將菜花切成小朵，浸泡在鹽水中十五分鐘，焯水後過涼水並瀝乾，然後放入密封袋中冷凍保存。
脫水保存。焯水後的菜花可以曬乾或用其他方式脫水，脫水後的菜花可以長期保存。
選擇適合的方法取決於您打算保存菜花的時間長度以及可用的設施。