《萌學園4故事大綱》如下：
1. 暗黑能量再次入侵萌學園，萌學園的學生將要迎戰。
2. 奈米蘇醒，與萌騎士小芙蝶共同抵抗暗黑能量。
3. 奈米與萌學園的學生們一起研究，找出暗黑能量來源的秘密。
4. 奈米與萌學園的學生們一起，找到解決暗黑能量的方法。
5. 結束了學期的期末考試，但新的挑戰來了。
6. 帕滑利用四大神鑰，開啟封印的元素，使得新的暗黑魔君復活。
7. 新的萌學園學生將要面對新的挑戰，他們將要勇敢面對，才能保護地球的和平。
這是一部魔法學校題材的動畫片，主要角色有萌學園的學生和教師。故事大綱主要圍繞著學校、魔法、友情、愛情等主題展開。