蒙古族馬頭琴的故事有兩種說法：
第一種：
很久以前，蒙古草原上有一個牧民，有一日，他發現自己的馬脖子上長出了一個肉瘤，十分奇異，這竟是一個小馬頭！牧民悲喜交加，他突發奇想，用木頭雕刻了一個小馬頭，天天照料它。隨著時間的推移，小馬頭漸漸活靈活現起來，於是牧民就用馬頭琴來演奏草原的夜曲。
第二種：
在遠古的蒙古草原，有一個叫作“特仁赫”的青年，他每天都會帶著心愛的馬頭琴去放羊。有一天，他發現自己的羊群里少了一隻羊，十分生氣。在尋找丟失的羊時，他發現了一個被狼咬死的馬頭，十分傷心。特仁赫用琴聲表達出他的悲傷和憤怒，並成功嚇跑了狼。從那時起，他開始用馬頭和琴演奏各種草原歌曲和故事。特仁赫的故事流傳了下來，成為蒙古馬頭琴的起源。
以上就是蒙古族馬頭琴的兩個故事版本，每個故事都賦予了馬頭琴獨特的意義和價值。