藥膳的烹飪方法主要包括燉、煮粥和蒸三種。
燉藥膳的方法是：將食物和藥物同時放入鍋中，加入清水和調料，先用武火煮沸，撇去浮沫，然後改用文火慢燉至熟爛。一般燉煮的時間在2到3小時左右。這種方法可以使藥膳質地軟爛，保持原汁原味，例如雪花雞湯和十全大補湯就是採用這種燉法。
煮藥粥的方法則包括藥、米同煮和藥、米分制兩種方式。藥、米同煮適用於藥物可食用且適宜與米谷同煮的情況，如蓮實粥和政仁紅棗粥。藥、米分制包括提汁和打粉兩種方法。提汁是將藥物榨汁或提濃汁，再與米谷同煮成藥粥；打粉則是將藥物打成細粉，在米粥煮熟後撒入。這些方法適用於不同類型的藥粥，如甘煎粥、竹葉粥等。
蒸藥膳是利用水蒸氣加熱的方法，適用於藥物和食物的炮製、消毒滅菌等。蒸製時，藥物和食物需先炮製加工，然後加入調味品或湯汁、清水，放入蒸籠中蒸熟，火候根據原料性質而定。