蜜蜂消失的原因主要包括以下幾個方面：
空氣污染和水質污染。這些污染源包括殺蟲劑、化肥、重金屬和其他有害物質，這些物質對蜜蜂的生存構成嚴重威脅。
土地利用變化。隨着城市化和工業化的發展，大量土地被用於商業和農業目的，這侵佔了蜜蜂的棲息地。
外來物種的影響。例如，意大利蜜蜂和其他外來植物對當地生態系統的影響，導致當地蜜蜂的食物來源減少。
氣候變化。全球變暖導致蜜蜂的野生棲息地南移，以及異常的天氣條件，如干旱和風暴，對蜜蜂的生存構成挑戰。
疾病。不同國家間蜜蜂的運輸可能引入病原體，如蟎蟲，這些病原體使蜜蜂更易受到農藥的毒害。
輻射。移動電話通信塔的輻射可能干擾蜜蜂的導航能力。
過度保溫。在現代化養蜂中，爲了保護蜜蜂免受冬季的嚴寒，有時會進行過度保溫，這反而可能導致蜜蜂神祕消失。