蝙蝠通常會有冬眠的習性，這個時期的代謝能力很低，呼吸與心跳在每分鐘內只有幾次，血流速度減慢，將體溫降低到和周圍環境的溫度一樣高，但是它們的冬眠深度並不深，在這個時期還會有進食和排泄的行為。如果被驚醒之後，能夠立即回復正常。
蝙蝠在冬眠時會倒掛在洞穴中睡覺，這種睡姿有助於它們在冬眠時保持溫暖並減少能量消耗。蝙蝠的冬眠地點通常在洞穴、古老建築物的縫隙、樹上或岩石的洞穴中。它們選擇這些地方是因為這些環境能夠提供足夠的保護和適宜的溫度條件，以支持它們的冬眠行為。
並非所有種類的蝙蝠都會冬眠。大多數生活在熱帶和亞熱帶地區的蝙蝠由於全年都有充足的食物供應，幾乎完全不需要冬眠。只有那些生活在較高緯度地區的某些種類的蝙蝠才會冬眠，它們進行冬眠主要是由於在漫長寒冷的冬季不能捕捉到足夠的昆蟲作為食物，所以它們就會蜷縮在屋頂或者牆角的縫隙里，通過降低體溫和減緩新陳代謝速度的辦法來減少能量消耗。