馬蜂窩的食用方法有多種，以下是幾種常見的食用方式：
直接食用。蜂巢中含蜂王漿和蜂蜜等成分，清理表面雜質後可直接咀嚼食用，這種方法簡單方便，能保留蜂巢中的營養成分。
泡酒飲用。將清理乾淨的蜂巢放入高度白酒中泡製15天以上，其營養成分會溶解在白酒中，利於人體吸收。每天可飲用一小杯，注意酒量不宜超過20克。
煮水飲用。將清洗乾淨的蜂巢切成小塊，放入清水中煮沸後小火煮10分鐘，煮好的水可以飲用，適合多種人群。
蒸製食用。蜂巢中含有蜂蠟，韌性較強，蒸熟後的蜂巢更容易咀嚼，可配合麵包食用。
烤乾研磨成粉。將蒸熟的蜂巢烤乾後研磨成粉，這樣既延長保存時間也便於人體吸收。粉末需在乾燥通風處密封保存。
生吃蜂蛹。將蜂蛹直接從蜂巢中取出食用。
炒蜂蛹。將蜂蛹與辣椒、鹽、蒜苗等調料一起炒制食用。
此外，還可以將馬蜂窩曬乾後研磨成細粉，單獨服用或與黃酒一起服用，也可以用於外敷，如與白芷、白醋和麵粉混合敷在神闕穴。馬蜂窩具有清熱解毒、潤腸通便、抗疲勞等功效，使用時要注意劑量和適應症。