螢光波長主要取決於激發光的波長和螢光物質的性質。常見的螢光物質的激發波長和發射波長如下：
螢光素如FITC（異硫氰酸螢光素）的激發波長為490nm，發射波長為525nm。
藻紅蛋白（Phycoerythrin, PE）的激發波長為488nm，發射波長為575nm。
Alexa Fluor 488的激發波長為495nm，發射波長為519nm。
PE-Cy5的激發波長為667nm。
PE-Cy7的激發波長為785nm。
這些數據表明，螢光的發射波長通常比激發波長長，從而使得螢光物質在接受激發光照射後能夠發出可見光。不同螢光物質具有不同的激發和發射波長，這使得它們在特定套用中非常有用。