螢光顯微鏡的結構主要包括以下幾個部分：
光源：螢光顯微鏡的光源通常為超高壓汞燈，它能發射很強的紫外線和藍紫光，足以激發各類螢光物質。這種光源在使用過程中會散發大量熱能，因此需要有良好的散熱條件。
濾板系統：濾色系統是螢光顯微鏡的重要部位，包括激發光濾色片、發射光濾色片和半透半反濾色片。激發光濾色片用於濾除光源中的可見光，而發射光濾色片則用於濾除紫外線，以保護人眼。半透半反濾色片的作用是完全阻擋激發光通過，而將其反射，並透過相應波長範圍的發射光。
光學系統：光學系統包括物鏡和目鏡。物鏡的選擇對於觀察螢光圖像的質量有很大影響，最好選用增稱、消色差的物鏡，因其自體螢光極微且透光性能適合於螢光。為了提高螢光圖像的亮度，應使用鏡口率大的物鏡。尤其對螢光不夠強的標本，應使用鏡口率大、光透過性高的物鏡，配合以儘可能低倍的目鏡。
超高壓汞燈：超高壓汞燈在使用初期不需高電壓即可引燃，但使用一段時間後，則需要高壓啟動。工作電壓一般為50～60V，工作電流約4A左右。燈泡在使用過程中，其光效是逐漸降低的。燈熄滅後要等待冷卻才能重新啟動，點燃燈泡後不可立即關閉，以免水銀蒸發不完全而損壞電極。
以上是螢光顯微鏡的主要結構部分，它們共同工作以觀察標本的螢光圖像。