螺螄粉的臭味主要來源於其中的配料酸筍，酸筍是在新鮮竹筍經過半個月的浸泡發酵後製成的，發酵過程中，竹筍中的糖類和蛋白質會被轉化為各種胺基酸和有機酸，這些胺基酸和有機酸進一步反應生成醛、酸、酚、酯等物質，其中包括具有揮發性特徵的對甲苯酚和其他多種呈味物質，這些都是酸筍臭味的來源。
此外，螺螄粉的臭味還與螺螄肉的天然保護機制有關，螺螄體內含有的腺體會分泌出具有臭味的液體，若螺螄沒有清洗乾淨，這種臭味也會影響到螺螄粉的口感，湯底的製作也可能產生異味，如不加以處理，也會使螺螄粉帶有臭味。
儘管螺螄粉具有獨特的味道，但它也融合了多種食材，如腐竹、木耳、花生等，提供了酸、辣、鮮、爽等多種口感，是一種營養豐富且具有地方特色的美食。