衢州祭孔大典的流程主要包括以下幾個部分：
禮啟。這一部分包括奏樂、撞鐘、主祭人和陪祭人就位，以及全體參祭人員向孔子像行鞠躬禮。
獻禮。這部分包括禮生進香、獻五穀和文房四寶，主祭人和陪祭人進香和敬酒，社會團體敬獻花籃，以及主祭人誦讀《祭孔子文》。
頌禮。這一部分首先是學生集體誦讀《偉大的孔子》，然後是參祭代表分組誦讀《論語》章句。全體參祭人員合唱《大同頌》。
禮成。最後是全體唱《大同頌》，標誌著典禮的結束。
此外，整個大典還強調了與現代社會的結合，如組織全市中國小校師生觀看祭祀典禮直播，開展祭孔祈福體驗等民眾性系列活動，以及招募民眾人員參加體驗，旨在擴大祭祀典禮的民眾參與度，促進對儒家文化的現代理解和實踐。