《新世紀福音戰士》的結局如下：
明日香因終日抑鬱而陷入昏迷的狀態，新出現的少年渚薰取代她作為二號機的駕駛員。真嗣最初同薰成為好友，但之後發現他其實是最後的使徒。薰同真嗣對戰，之後意識到如果人類要茁壯成長，他自己就必須死，並要求真嗣殺了他。真嗣在猶豫過後最終殺死了薰。這一行為引發了人類的強制進化，被稱為"人類補完計劃"，所有人類的靈魂都將被合併成一個。在最後一集中，真嗣的靈魂在精神上扭轉了他自身存在的理由，並達到一種頓悟，使他能夠摧毀整部片中折磨著他的由消極態度和情感所組成的牆。在結尾，真嗣笑著感謝大家，而其他人也都為他鼓掌。
此外，還有人說其實《新世紀福音戰士》的結局有三個，tv版展示了真嗣一個人的補完，比較陽光積極；劇場版air和真心為你的結局比較壓抑；第三個結局是新劇場版的結局，真嗣和父親互相理解，也是陽光積極的結局。
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