《超級機器人大戰α》的故事發生在不同的宇宙和世界中，講述了各種超級機器人和機器人主角們的冒險和戰鬥。故事的主要情節包括正義與邪惡的衝突、兄弟姐妹的爭鬥、外星生物的入侵等等。
故事的主線圍繞著幾個主要的角色和他們的機器人，他們分別代表不同的陣營和組織，在不同的戰鬥和冒險中相互合作、競爭和對抗。每個角色都有自己的故事和背景，以及在戰鬥中的成長和變化。
同時，故事中還穿插了各種支線任務和角色，這些角色和任務有時會對主線情節產生重要影響，提供額外的劇情和角色。整個故事充滿了緊張刺激的戰鬥和各種意想不到的轉折，讓玩家在遊戲中體驗到豐富多彩的冒險和戰鬥。