車頂漏水的處理方法取決於漏水的原因，可能的原因及解決辦法包括：
天窗排水管堵塞或脫落。清理天窗流水槽內的異物和髒污，使用氣槍吹氣清理排水管中的異物，檢查排水管是否脫落，必要時需重新安裝排水管。
車頂天線密封不嚴。拆下車頂天線，檢查和處理密封狀況，必要時更換密封元件或修理車身。
前擋風玻璃和後擋風玻璃密封不嚴。檢查前擋風玻璃和後擋風玻璃的密封膠，如有脫膠現象，需要重新注入密封膠或更換密封膠。
鈑金噴漆處理。如果車頂出現開裂，可能需要鈑金噴漆處理。
此外，定期清理天窗，保持排水槽周圍清潔，並在洗車時使用高壓噴氣設備清理排水管道，檢查密封條，必要時塗抹塑料防護劑或滑石粉以減少摩擦力，也是預防漏水的有效措施。