《軒轅劍之天之痕》的故事設定在隋朝末年，主要講述了陳國最後一位皇子陳靖仇尋找上古神器修補穹蒼的故事。故事圍繞著陳靖仇、玉兒、小雪、拓拔玉兒和張烈之間展開。
* 陳靖仇是陳國皇子，但他的存在卻因北周的追殺而備受隱匿。他與師父相依為命，並在尋找修復穹蒼的道路上與隋朝抗衡。
* 獨孤郡主楊紫茳飾演女主角玉兒，身份是北周后裔，與陳靖仇有國讎家恨，最終與他並肩作戰對抗強敵。
* 張馨予飾演小雪，她是一個不平凡的人，身世成謎，擁有神奇武功。
* 陸毅飾演隋朝郡主拓拔玉兒，他性格俏皮可愛，對陳靖仇一往情深。
此外，故事中還涉及了許多其他角色和勢力，如隋煬帝、宇文拓、後梁蕭皇后、前朝餘黨、十八魔族等。故事情節豐富，角色性格鮮明，展現了古代戰爭的殘酷和愛情的甜蜜，是電視劇《軒轅劍天之痕》的亮點。