逆轉裁判4的故事包括以下部分：
1. 序章：過去的事實：玩家將扮演成新律師成步堂龍一，探索他在遊戲中的角色如何在心中刻下法律，公正和真相的重要性。
2. 第一章：殘像的逆轉：主要講述玩家將挑戰審理兇殺案的委託人志磨虛一郎一案，查明他被誣陷殺人的事實真相。
3. 第二章：幽靈之城與孿生姐妹：案件再次發生並帶來諸多疑問。此時線索中出現過去的魔法鎮北鎖谷葛瑞絲內園的一系列問題。成步堂必須在南和詩織完全因為犯人的轉移模糊、完全沒有事件直接目擊者的事件證據不清的狀態下受理此案件並還原現場找到真兇。
此外，逆轉裁判4還包含其他的章節和情節，如證言的舞台、霧之湖、石動美玲事件等。
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