通菜的病害種類較多，主要包括：
炭疽病。主要危害葉片，嚴重時葉片枯黃壞死，病斑呈半圓形或不規則形，葉片上的病斑後期可能出現小黑點。
根腐病。初期導致植株萎蔫，根莖部變為褐色至黑褐色，有凹陷和濕腐狀，嚴重時植株枯死。
褐斑病。主要影響葉片，初期為黃褐色小點，後擴大成圓形或橢圓形黑褐色病斑。
白銹病。影響葉片和莖部，以葉片症狀為主，葉背面生白色隆起狀皰斑。
疫霉病。引起幼苗葉片出現黃褐色斑點，後期變成黑色，有大量灰白色霉層。
菌核線蟲病。影響通菜的健康生長。
此外，通菜還可能遭受蚜蟲和蜘蛛蟎等害蟲的侵害。這些害蟲和病害都可能對通菜的產量和品質造成不利影響。