配送成本高的原因可以從多個角度進行分析，包括體系層面、產業層面、企業和要素層面、體制政策層面以及自然地理層面。具體原因可參考如下：
體系層面。綜合交通運輸體系不完善、物流體系不健全、現代流通體系尚未形成、供應鏈管理體系缺乏、物流標準體系不健全、物流信息體系不完善、國際物流體系薄弱、應急物流體系滯後。
產業層面。產業結構、產業布局不合理、產業聯動不足、產業升級緩慢、產業增長方式粗放。
企業和要素層面。第三方物流企業少、物流企業規模小、物流企業間缺乏合作、物流要素髮展滯後、物流要素成本上升。
體制政策層面。市場體制不完善、物流管理體制不健全、稅收、交通、海關等政策不合理。
自然地理層面。地形地貌複雜、地廣人稀。
城市化進程加速。導致城市交通擁堵，物流車輛運輸效率低下，增加了成本。同時，城市物流配送的「最後一公里」問題也越來越突出，需要更多的人力和物力投入。
人工成本上升。隨著勞動力市場供求關係變化，物流企業需支付更高薪資以吸引和留住人才。
能源價格波動。物流行業的能源成本主要包括燃油、電費等，價格波動對物流企業成本影響顯著。
物流信息化水平較低。信息化程度的提高可以降低物流成本，當前中國物流信息化水平相對較低。
人的因素。如專業人員缺乏，戰略成本意識和全員成本意識不足。
技術層面因素。如運輸技術裝備落後，管理技術手段和管理信息系統不夠普及，運輸規劃不科學。
制度方面原因。如成本的核算、考核制度不健全。
誠信問題。例如，需求商與第三方物流企業之間的信任問題可能導致成本增加。