酵素製作的原理主要依賴於微生物發酵過程，這一過程涉及將動物、植物、菌類等原料與或不添加輔料混合，通過微生物的作用分解原料中的營養成分，從而製成含有特定生物活性成分的酵素。
在發酵過程中，原料中的細胞組織被微生物酶分解，釋放出功能性營養成分，這些成分可能發生小分子化，變得更容易被人體吸收。發酵不僅保留了原料中的營養價值，還可能產生新的生物活性物質，提高其生物利用度。例如，某些酵素原料中的草本藥材經過發酵轉化後，其功效可能增加，副作用降低。
酵素製作的流程包括選擇合適的原料、進行清洗和預處理、添加輔料（如果糖、蜂蜜等）、將混合物置於密封容器中進行發酵。發酵過程中，微生物的作用使原料在分子水平上發生分解和結構改變，產生新的生物活性成分。發酵時間、溫度、pH值等因素都會影響最終酵素的性質和活性。