醚菊酯是一種低毒性的殺蟲劑。在急性經口毒性測試中，對於雄性大鼠的LD50值大於21440mg/kg，雌性大鼠的LD50值大於42880mg/kg，雄性小鼠的LD50值大於53600mg/kg，雌性小鼠的LD50值大於107200mg/kg。在急性經皮毒性測試中，雄性大鼠的LD50值大於1072mg/kg，雌性小鼠的LD50值大於2140mg/kg。此外，醚菊酯對皮膚和眼睛無刺激作用。
然而，醚菊酯對魚和蜜蜂具有較高的毒性，因此在使用時需要特別注意，避免污染水域和蜂巢。對於家蠅，醚菊酯也表現出毒性，其半數致死量為23ng/只。
儘管醚菊酯對人體屬於低毒，但如果長時間接觸或吸入，尤其是對於兒童或免疫力較低的人群，可能會對呼吸道黏膜造成損傷，引起中毒反應，如咳嗽、頭暈、呼吸困難等。對於孕婦而言，長期接觸可能會影響免疫力，甚至引起噁心、嘔吐和頭暈等不良反應。因此，在使用醚菊酯時，應遵循正確的安全操作規程，避免不當使用或誤食。