醬油的發酵過程通常包括以下幾個步驟：
原料處理。首先，使用大豆、小麥（有時還包括水）作爲主要原料，這些原料需要經過清洗和預處理，例如，大豆可能需要被煮熟或燜煮，而小麥則可能被焙炒或煎炒。
制曲。處理好的原料與酵母粉或其它發酵劑混合，在特定的溫度和溼度條件下進行發酵，這個階段有助於形成醬油的風味和色澤。
鹽水調製與混合。使用海鹽和清水調製鹽水，然後將鹽水與煮熟的大豆混合，這個步驟有助於調味和進一步發酵。
發酵。混合物被放入發酵容器中，例如木桶或玻璃瓶，進行長時間的發酵過程，這個階段可以分爲前期水解和後期發酵，前期水解是將原料中的蛋白質和澱粉分解成更小的分子，而後期發酵則是利用酶和有益菌將小分子轉化成醬油的有效成分。
攪拌與通風。在發酵過程中，需要定期攪拌混合物，以促進均勻發酵並排出累積的氣體，這有助於保持酵母的活性。
成熟與提取。經過數月甚至一年的發酵後，醬油成熟，此時可以通過壓榨或其它方法從發酵混合物中提取醬油。
不同的醬油生產工藝可能有所差異，但基本步驟大致相同，包括原料處理、制曲、鹽水調製與混合、長時間的發酵過程，以及最終的提取。