金針菇的保存方法有多種，以下是幾種常用的保存方法：
冰箱冷藏保存。首先將金針菇的根部去除，然後將其放入裝有清水的盆中，加入少量食鹽攪拌至溶解，浸泡10分鐘進行殺菌消毒。之後撈出金針菇並瀝乾水分，放入密封容器或塑料袋中，存放在冰箱冷藏室，可以保存7-10天左右。
冷凍保存。金針菇清洗後，瀝乾水分，再放入密封塑料袋或容器中。然後存放在冰箱冷凍室，這種方法可以保存金針菇數月甚至更長時間，但解凍後其質地可能會發生變化。
此外，還可以將金針菇放入透氣的塑料袋或容器中密封，隔絕氧氣和水分，減少氧化和腐敗。在購買時，選擇新鮮、無褐色斑點、質地堅實的金針菇，並定期檢查儲存的金針菇，及時食用或處理變質部分。