金門缺水的原因主要包括：
水資源貧乏。金門屬於資源性缺水地區，人均可利用水量僅爲每年167.9立方米。金門的水資源主要來自地下水和水庫，但由於長期過度抽取地下水，已導致海水滲漏和土壤鹽化問題。水庫也因年久積淤，水質變得越來越差。
氣候因素。金門緯度較低，氣溫高，蒸發量大。該地地形以山地丘陵爲主，河流短小，流速快，儲水時間短。金門地勢低緩，地形對水汽的抬升作用弱，不利於地形雨的形成，年降水量較少。
經濟發展和生活水平提高。隨着金門經濟的發展和生活水平的提高，用水量不斷增加，進一步加劇了缺水問題。
過去，金門在遇到乾旱時會將污水處理後再利用或回收雨水。爲了解決缺水問題，金門曾考慮從臺灣本島載水或採用海水淡化方案，但因成本高昂而放棄。