阿克塞哈薩克族自治縣的平均海拔約為3200米。 該地區地形複雜，東南部最高點海拔可達5798米，而西北部海拔較低，約為1500米。阿克塞縣境內山脈連綿，包括阿爾金山、黨河南山和塞什騰山等，同時也有廣闊的草原和浩瀚的戈壁。