阿里山以其豐富的花卉而聞名，其中最著名的包括：
阿里山杜鵑。學名為Rhododendron pseudochrysanthum Hayata，這是一種矮小灌木，高度在0.5至3米之間，花期不明，果期在7月。
櫻花。阿里山區的櫻花季通常在初春舉行，包括千島櫻、山櫻花、吉野櫻和八重櫻等品種。
阿里山胡痲花。學名為Heloniopsis arisanensis，這是一種多年生草本植物，特有於台灣。
百子蓮。學名為Agapanthus africanus，這是一種原產於南非的多年生草本植物，被譽為「愛情花」，主要在6至8月開花。
阿里山全唇蘭。學名為Myrmechis drymoglossifolia Hayata，這是一種矮小的植物，高度大約5至6厘米，花期未明。
除此之外，阿里山還有其他花卉如森氏杜鵑、石楠花、毛地黃等也會在特定季節綻放。