限制酶（限制性核酸內切酶）是一類酶，能夠識別並附着在特定的核苷酸序列上，對每條鏈中特定部位的磷酸二酯鍵進行切割。這些酶可以來自原核生物，並且在基因工程中廣泛使用。根據限制酶切割的特點，可以將它們分爲兩大類：一類是切割部位無特異性的，另一類是可特異性地識別核苷酸序列，即只能在一定的DNA序列上進行切割。
同尾限制酶（isocaudamers）是限制性核酸內切酶的一種，它們的來源不同，能夠對DNA切割產生相同的黏性末端，而其識別序列的特異性不同。這一類的限制酶來源各異，識別的靶序列也不相同，但產生相同的粘性末端。由同尾酶產生的DNA片段，是能夠通過其粘性末端之間的互補作用彼此連接起來的。
總的來說，限制酶在基因工程中作爲重要的切割工具，能夠幫助科學家對DNA序列進行特徵分析，例如通過限制性酶切分析法，即使用限制性內切酶消化基因組或一段核酸，產生的片段經電泳等方法分離形成獨特的條帶圖譜，從而對DNA序列的特徵進行分析。