除垢器的工作原理主要基於以下幾點：
電子和電磁技術。除垢器利用電子和電磁技術產生高頻電磁場，這個電磁場作用於流經設備的水。
水分子處理。當水流經除垢器時，高頻電磁場使水分子發生共振，將大的水分子團分解為單個的極性水分子。這些極性水分子具有更高的活性，能夠更好地溶解和去除管道或設備中的老垢。
鈣鎂離子處理。除垢器使水中的鈣（Ca²⁺）、鎂（Mg²⁺）等離子失去活性，並形成難以沉積的微小結晶，這些結晶容易被水流沖走，從而防止水垢的形成。
殺菌滅藻。除垢器產生的快速變化的磁場在水中產生紊流，衝擊微生物的細胞膜，破壞其生存環境，從而殺死細菌和藻類。
防鏽防腐。通過減少水垢的沉積，除垢器有助於防止垢下腐蝕。此外，由於殺菌作用，減少了微生物引起的腐蝕。
綜上所述，除垢器通過其獨特的工作原理，不僅有效去除現有水垢，還能防止新的水垢形成，同時具有殺菌和防腐作用。