電子顯微鏡根據其工作原理和結構特點，可以分為以下幾種主要類型：
透射式電子顯微鏡。這種顯微鏡利用電子束穿透樣品後，通過電子透鏡成像放大來觀察樣品。它適用於觀察那些用普通顯微鏡無法分辨的細微物質結構。由於電子需要穿過樣本，因此樣品必須非常薄。
掃描式電子顯微鏡。這種顯微鏡通過電子射線轟擊樣品表面，引起二次電子等信號的發射，經檢測裝置接收後成像。它的特點是景深長，圖像立體感強，適用於觀察生物樣品的各種形貌特徵。
反射式電子顯微鏡。這種顯微鏡利用電子束照射樣品表面，收集反射回來的電子進行成像。它主要用於觀察樣品表面的微觀結構和形態。
發射式電子顯微鏡。這種顯微鏡主要用於研究自發射電子表面的特性，適用於特定材料的表面分析。
這些電子顯微鏡在材料科學、生物學等領域有著廣泛的套用，因為它們能夠提供比光學顯微鏡更高解析度的圖像，從而揭示更細微的結構和細節。