非營利組織失靈，也稱為非營利組織失敗，是指非營利部門偏離了其社會公益或公共利益的宗旨，採取了功利主義為導向的信念和行為，從而對消費者、社會、生態產生了負面的效應。非營利組織失靈的原因主要有以下幾個方面：
利益的驅動。某些組織可能因為利益驅動而偏離其初衷，例如，某些組織可能發展為只為特定群體服務的組織，或者被少數人控制以圖利私人。
道德的失控。非營利組織常常依賴於志願者的奉獻，但如果開支和收入不足，可能導致慈善缺口，進而影響志願者的熱情。
不科學的績效考評制度。這可能導致組織過於注重短期成果，而忽視了長期的可持續發展。
組織活動的經費嚴重不足。這可能導致組織行動緩慢、墨守成規。
社會公信度低。個別負面案例的發生可能影響組織的整體形象和社會公信度。
組織的局限性。例如，非營利組織的非志願性、非獨立性、狹隘性和家長作風等。
非營利組織失靈的對策包括建立信息披露制度和相應的懲戒制度，完善非營利組織的管理體制，形成以政府為主導的多元化籌資體系，完善自律與他律相結合的道德約束機制。同時，應從立法、信息管理、道德機制、自律機制和監督機制入手進行治理。