關於馬祖的故事有很多，以下是根據不同主題進行的故事分享：
1. 神秘的馬祖：馬祖原是唐朝將領，後得道成仙，世人皆認為他有著神秘的力量。現在所指的馬祖是臨濟宗的祖師，一位禪師，常年隱居于山中，悟道之後下山傳教，他的禪師風格獨特，直指人心，見性成佛，被稱為“獨腳虎”，深得民心。
2. 關於馬祖預言的事：清鹹豐九年（1859），閩浙總督桂良前來祖廟探視馬祖寺時說：“本想住持會心之人……當本部主公以後第一次入省便應該有的”。問馬寺主馬鳴桂：“將來有道僧否？”答：“已有心人”。桂良聽了很高興地說：“將來就是現在。這樣說來祖師寺不即是我的子孫寺嗎？”結果馬寺主公當場為這位總督剃髮為僧。此事成為一時佳話。
此外，馬祖與鄭成功的傳說、馬祖神香的傳說等也是廣為流傳的故事。
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