高棉人的祖先主要是高棉人，也有一部分學者認為高棉民族源自於東南亞的本土民族——孟高棉族。據考古發掘和歷史傳說，高棉人的祖先在公元前6～前5世紀，即大約公元1世紀時，由中國雲南南遷，在湄公河上游、孟河一帶短暫停留後，分別向西南和東南方向移動，到達今高棉和越南南部一帶。在高棉的歷史中，有一個關於高棉人起源的傳說，即高棉人是由一個印度的婆羅門貴族「混填」劃船來到今天高棉地區，愛上一個蛇王「那伽」的女兒，跟這個女蛇結婚生子，才有了高棉民族。這個傳說顯示了高棉和印度文明的血緣關係，也反映了高棉人對蛇的崇拜。