《魔獸爭霸3》的故事發生在《魔獸》和《魔獸》系列遊戲故事中的數百年之後，一個充滿戰爭和衝突的世界。在這個世界中，暗夜精靈、巨魔、人類、巫妖、矮人和其他種族之間，依然在爭奪著大陸的控制權。然而，故事中還引入了一些新的元素，比如神秘的虛空勢力以及他們與各族之間的複雜關係。
隨著暗夜精靈上層精靈的背叛，使得永恆之井的能量發生了變化，進而導致世界秩序的崩塌。在這個過程中，神秘的虛空力量開始顯現，他們的目的是尋找方法利用永恆之井的殘餘力量。而暗夜精靈、巨魔和其他種族都對此感到震驚，他們不得不面對虛空勢力的威脅。
同時，一些英雄在這個過程中嶄露頭角。他們有的成為了對抗虛空勢力的關鍵人物，有的則被捲入了這個新的衝突。他們的故事交織在一起，形成了《魔獸爭霸3》的故事主線。