鹹潮入侵的危害主要包括以下幾個方面：
影響供水水質。鹹潮會使河水中的氯化物濃度升高，影響飲用水的質量，長期飲用可能導致生理不適，尤其是對心臟病和腎臟病患者危害更為嚴重。
對工業和農業的影響。高鹽度的水會加速工業設備的氧化腐蝕，影響生產活動，同時，鹹水灌溉可能導致農作物萎蔫甚至死亡。
土壤鹽漬化。鹹潮入侵導致土壤鹽分升高，可能引起土壤鹽漬化問題，影響農業土壤的健康。
影響居民生活和工業生產。鹹潮不僅影響居民的日常生活用水，還會對工業生產、特別是對水質有嚴格要求的企業造成衝擊。
此外，鹹潮的發生與乾旱、氣候變暖等因素有關，預測和管理鹹潮需要綜合考慮自然因素和人為因素。