黃頭側頸龜是一種雜食性偏植物性的水棲龜類。在人工飼養下，它們主要以植物性食物爲主，包括水生植物、水果以及多種深綠色的菜蔬。蔬菜中，它們樂於接受如長葉萵苣、羽衣甘藍、西葫蘆、蘋果、葡萄等。此外，黃頭側頸龜也會食用一些動物性食物，如小魚蝦、紅蟲等，但應以植物性食物爲主。
在幼體階段，黃頭側頸龜可能會偏向肉食，喫一些昆蟲、小魚、小蝦等。隨着年齡的增長，可以逐漸增加蔬菜飼料的比例，並減少動物性食物的攝入。人工飼養時，可以搭配使用龜糧、配合飼料等，同時注意補充必要的維生素和鈣粉等營養成分。需要注意的是，高動物蛋白的餌料可能會損害這種龜的長期健康。因此，應避免過量投餵動物性食物，以保證營養均衡。