黑斑病的病原物取決於具體的植物種類，以下是幾種不同植物的黑斑病病原物：
甘薯黑斑病的病原物是甘薯長喙殼菌（學名：Ceratocystis fimbriata Ellis et Halsted），屬於子囊菌亞門、長喙殼屬真菌。
柑橘黑斑病的病原物包括柑橘葉點黴菌（學名：Phaeoisariopsis citricarpa）、首都葉點黴菌（P. capitalensis）、亞洲柑橘葉點黴菌（P. citriasiana）和巴西柑橘葉點霄菌（P. citribraziliensis）。
大白菜黑斑病的病原物主要是蕓薹鏈格孢（學名：Alternaria brassicae (Berk.) Sacc.），屬於半知菌亞門真菌。
蘿蔔類黑斑病的病原物是蘿蔔鏈格孢（學名：Alternaria raphani Groves），也屬於半知菌亞門真菌。
此外，人類皮膚的黑斑病由真菌如馬拉色菌感染引起。