《蝙蝠俠：阿卡姆城市》的故事圍繞著已經淪為犯罪天堂的自由城（自由市）展開，講述了蝙蝠俠（布魯斯·韋恩）與一群犯罪團伙的頭目（包括謎語人、稻草人、企鵝人等）之間展開的一系列故事。該遊戲的核心是描繪一座城市處於即將被罪犯完全控制的混亂狀況，此時蝙蝠俠不僅要依靠自己的能力，還需要不間斷地阻止城市完全陷入犯罪的深淵。在故事中，玩家還可以遇到許多熟悉的反派角色和眾多前阿卡姆瘋人院病人組成的各種敵對組織，每一個組織都各自有自己的故事線。玩家必須通過對不同犯罪組織的獨特洞察和聰明才智來解決衝突和任務。這些犯罪團伙各自的獨立故事最終為遊戲的結局奠定基礎。玩家將在一個宏大的開放世界中看到大量的街頭追逐、各種各樣的暴力、反烏托邦的嚴重性、極其大量的犯罪團伙和各種陰謀。同時，遊戲中的角色關係非常複雜，包括蝙蝠俠與羅賓、蝙蝠俠與貓女、蝙蝠俠與阿爾弗雷德等的關係，以及各個犯罪團伙之間的複雜關係和衝突。這些故事情節為遊戲增添了深度和複雜性，同時也為玩家提供了豐富的角色互動和情節發展。總的來說，《蝙蝠俠：阿卡姆城市》的故事情節複雜、引人入勝，同時充滿了緊張刺激的打鬥場面和精彩的劇情轉折，給玩家帶來了一個扣人心弦的遊戲體驗。