《刺客信條》是一個關於刺客和聖殿騎士的系列故事，主要圍繞兩個主線劇情展開：
1. 刺客線：講述了主人公艾齊杜（Assassin's Creed）和他的同伴們反抗聖殿騎士的故事。他們的目標是通過消滅刺客名單上的目標，獲取這些目標掌握的信息，以解開自己被未知組織（聖殿騎士）控制的真相。這個過程中，主人公艾齊杜不斷成長，從一名普通刺客成長為一名真正的刺客大師。
2. 聖殿騎士線：聖殿騎士的目標是控制全世界的秘密，他們通過控制各地的神秘符號和知識來維護自己的統治。他們試圖將世界上的所有知識都整合到一個中央系統中，同時利用他們的財富和影響力來控制世界。然而，他們也面臨著其他勢力的反抗，包括刺客組織。
此外，每個遊戲中的DLC（Downloadable Content，可下載內容）通常會擴展這兩個主線劇情。有些DLC會講述新的故事，涉及新的角色和地點，而其他DLC則可能提供新的遊戲模式或挑戰。
總的來說，《刺客信條》系列故事包含了許多複雜的人物關係和歷史背景，同時也融入了許多幻想和神秘元素。玩家在遊戲過程中可以體驗到一場充滿懸念和刺激的冒險之旅。